Bach áhítatos evangélikus volt, és hite befolyásolta zenéjét. Számos darabja bibliai történeteken vagy szövegeken alapul, köztük a Szent Máté-passió, a Szent János-passió és a Karácsonyi oratórium.
Más zeneszerzők
Bachra más zeneszerzők is hatással voltak, köztük saját rokonai (leginkább nagybátyja, Johann Christoph Bach és apja unokatestvére, Johann Jakob Bach). Számos más zeneszerző, köztük Palestrina, Tallis, Byrd, Frescobaldi, Buxtehude és Vivaldi zenéjét tanulmányozta.
A természeti világ
Bachot is a természeti világ ihlette. Számos munkája tartalmaz olyan mozdulatokat, amelyek madarak, állatok és más természeti jelenségek hangját idézik. Például 215. kantátájának "Sinfonia"-ja egy vihart ábrázol, míg a "Levegő" a 3. zenekari szvitből egy csalogány dalát imitálja.
Személyes tapasztalatok
Bach személyes élményei is hatással voltak zenéjére. Például úgy gondolják, hogy első felesége, Maria Barbara halála ihlette h-moll miséjéből a „Crucifixust”.
A szépség megteremtésének vágya
Bachot mindenekelőtt az a vágy ihlette, hogy gyönyörű zenét alkosson. Úgy vélte, hogy a zene Isten ajándéka, és elhatározta, hogy tehetségét felhasználva olyan zenét alkot, amely dicsőíti Istent és felemeli az emberi szellemet.