2. Állófázist :A gélelektroforézisben az állófázis egy gél (agaróz vagy poliakrilamid), míg a papírkromatográfiában az állófázis egy nedvszívó papírlap.
3. Anyagok szétválasztása :Az állófázisokon keresztüli mozgási sebességek különbsége mindkét technikában elválasztja az anyagokat.
4. Vizualizációt :Az elválasztás után az anyagok láthatóvá válnak megfelelő festési vagy kimutatási módszerekkel.