Tudományos kitüntetések:
* Copley-érem (1874) :A világ egyik legrangosabb tudományos díja, a Royal Society of London ítélte oda az erjesztéssel és a betegségek csíraelméletével kapcsolatos munkájáért.
* Rumfordi érem (1874) :A Royal Society of London díját a fény polarizációjával és alkalmazásaival kapcsolatos kutatásaiért.
* Albert-érem (1881) :A Royal Society of Arts díját a közegészségügyben és a betegségek megelőzésében nyújtott hozzájárulásáért.
* A Becsületlégió lovagja (1853) :rangos francia kitüntetés, amelyet olyan személyeknek ítélnek oda, akik jelentős mértékben hozzájárultak a nemzethez.
* A Becsületrend Nagykeresztje (1881) :A Becsületlégió legmagasabb rangja, elismerve Pasteur kivételes eredményeit.
* A Francia Tudományos Akadémia tagja (1862) :Az egyik legmagasabb tudományos kitüntetés Franciaországban.
* A Royal Society külföldi tagja (1869) :Megtiszteltetés az Egyesült Királyságon kívüli tudományhoz való hozzájárulása elismeréseként.
Egyéb díjak:
* A Francia Tudományos Akadémia díja (1856) :Az erjesztéssel kapcsolatos munkájáért díjazták.
* A Párizsi Tudományos Akadémia díja (1862) :A betegségek csíraelméletével kapcsolatos munkájáért díjazták.
Ezeken a különleges díjakon kívül Pasteur számos egyéb kitüntetésben és elismerésben is részesült pályafutása során, megerősítve örökségét, mint a 19. század egyik legbefolyásosabb tudósa.