* BAFTA-díjak:
* A legjobb könnyű szórakoztató előadás a "Blackadder" című filmhez (1987)
* A legjobb könnyű szórakoztató előadás a "The Thin Blue Line"-ért (1996)
* BAFTA-ösztöndíj (2013) – a Brit Film- és Televízióművészeti Akadémia legmagasabb kitüntetése
* Brit Comedy Awards:
* A legjobb vígjátékszereplő a "Blackadder"-ért (1991, 1993)
* Legjobb vígjátékszereplő:"The Thin Blue Line" (1995)
* Életműdíj (2003)
* Egyéb díjak:
* Montreux-i arany rózsa (1988) a "Blackadder the Third" című filmhez
* Montreux-i Golden Rose (1991) a "Blackadder Goes Forth" című filmhez
* Laurence Olivier-díj a legjobb színésznek járó új vígjátékban a Bernarda Alba házáért (1987)
Ez nem kimerítő lista, de bemutatja azokat a legjelentősebb díjakat, amelyeket Atkinson kapott. Számos egyéb díjra is jelölték, köztük Golden Globe-ra és Primetime Emmy-díjra.