Televízió:
* Rosszul viselkedő férfiak (1992-1998): Ez a sitcom elindította a Clunes-t a mainstream sikerre, a bájosan szerencsétlen Garyt alakítva.
* Doc Martin (2004-től napjainkig): Clunes talán legikonikusabb szerepe, aki a zord, de szeretetreméltó orvost alakítja a cornwalli Portwenn városában.
* Reggie Perrin (2007-2009): A "The Rise and Fall of Reggie Perrin" című klasszikus brit sitcom remake-je.
* A nagy szökés (2003): Kétrészes minisorozat, amelyben Clunes Roger Bushellt alakította.
* Jonathan Creek (2000-2016): Ennek a rejtélyes sorozatnak több epizódjában is feltűnt, mint a címszereplő legjobb barátja, Maddy férje.
* A parancsnok (1998-2000): Jack Harper parancsnok, a Királyi Haditengerészet tisztjének főszerepét játszotta.
* William és Mary (2003-2010): Visszatérő szereplőként tűnt fel, a címszereplő sógoraként.
* A palota (2008): A királyi család egyik tagját játszotta ebben a szatirikus vígjátéksorozatban.
* Manhunt (2019): A DCI Colin Suttont alakította ebben a valódi bűnügyi sorozatban, amely Levi Bellfield elfogásáról szól.
* A királynő orra (2001): Megszólaltatta a beszélő kutya, a "Királynő orra" karakterét ebben a gyereksorozatban.
Filmek:
* Heartbeat (1992): Clunes a népszerű ITV-sorozat filmváltozatában szerepelt.
* A tavak (2000): Romantikus thriller, amelyben Clunes egy nő megszállottját alakítja.
* Az időgép (2002): Alexander Hartdegen, a jövőbe utazó tudós szerepét játszotta.
* Az utolsó nyomozó (2003): Detektív thriller Michael Connelly író regényei alapján.
* Three and Out (2011): Sötét vígjáték, amelyben Clunes egy idősödő futballistát alakít.
* Barney Thomson legendája (2015): Egy fekete vígjáték, amelyben Clunes egy borbélyt alakít, aki véletlenül sorozatgyilkos lesz.
* SuperBob (2015): Egy szelíd modorú férfit játszott, aki kénytelen szuperhőssé válni.
Ez a lista nem kimerítő, de tartalmazza néhány legjelentősebb és legismertebb projektjét.