Filmek:
* Rózsaszín flamingók (1972): Waters ebben a kultikus klasszikus filmben "Az Isteni" szerepét játszotta.
* Desperate Living (1977): Ebben a filmben "The Divine"-ként is feltűnt.
* Poliészter (1981): Waters játszotta a "The Divine" szerepét, és ezt a filmet is rendezte.
* Hajlakk (1988): Waters ebben a filmben a lemezbolti eladóként szerepelt.
* Cry-Baby (1990): Rövid ideig iskolaigazgatóként lépett fel.
* Serial Mom (1994): Waters ebben a filmben "The Divine" szerepét játszotta.
* Pecker (1998): Ebben a filmben ismét "The Divine"-ként szerepelt.
* A piszkos szégyen (2004): Waters ebben a filmben "The Divine" szerepét játszotta.
* Ez a mocskos világ (2006): Ebben az életéről és munkásságáról szóló dokumentumfilmben szerepelt.
* Fruitvale Station (2013): Waters hírriporterként szerepelt.
* A ház, amelyet Jack épített (2018): Waters kis szerepet játszott Lars von Trier filmjében.
Televízió:
* A Simpson család (1991): Waters a Homer Defined című epizódban hangoztatta magát.
* South Park (1997): A "Chef Aid" című epizódban is megszólaltatta magát.
* A szopránok (2001): Waters filmrendezőként szerepelt a "The Blue Comet" című epizódban.
* Arrested Development (2003): Volt egy kis szerepe a "The Maculate Election" című epizódban.
* A Larry Sanders Show (1992-1998): Waters néhányszor önmagaként is feltűnt ebben a műsorban.
* Csúnya Betty (2006-2010): Önmagaként jelent meg az "Ugly Betty's World" című epizódban.
* RuPaul Drag Race (2010-től napjainkig): Waters számos alkalommal fellépett vendégbíróként ebben a műsorban.
Míg más projektekben való megjelenése korlátozott, John Waters leginkább saját egyedi és nagy hatású filmjeiről híres.