valóság vs. illúzió: A központi téma a valóság természete és annak felfogása pontos -e. A mátrix olyan világot mutat be, ahol az emberek tudattalanul csapdába esnek a gépek által irányított szimulált valóságba, megkérdőjelezve a valós és a szimulált határokat.
Szabad akarat és választás: A film feltárja a szabad akarat gondolatát és azt, hogy milyen könnyen manipulálható. A karakterek küzdenek a választásuk következményeivel, valamint a személyes felszabadulás és a társadalmi változások lehetőségeivel.
Az emberi állapot: A mátrix az emberi természetet és a túlélés, az identitás és a cél küzdelmeit vizsgálja. Feltárja az elszigeteltség, az elidegenedés és a jelentés keresését egy látszólag értelmetlen világban.
Technológia és vezérlés: A film aggodalomra ad okot a fejlett technológia potenciális veszélyei, valamint az emberiség ellenőrzésére és manipulálására való képessége miatt. Figyelmezteti a gépek lehetőségeit, hogy erősebbé váljanak, mint az emberek, és uralják a társadalmat.
Az igazság természete: A film arra készteti a nézőket, hogy megkérdőjelezzék, mi szerint igaznak tartják, és fontolóra veszik az alternatív valóság lehetőségét. A karakterek kénytelenek szembesülni saját elfogultságukkal és feltételezéseikkel, végül felfedezve az igazság keresésének fontosságát.
A hit ereje: A mátrix hangsúlyozza az egyéni hiedelmek jelentőségét és annak hatását a valóság felfogására. A film azt sugallja, hogy a hit hatalma felhasználható az akadályok leküzdésére és a látszólag lehetetlen célok elérésére.
Végül a mátrix egy olyan film, amely felkéri a nézőket, hogy gondolkodjanak kritikusan a körülöttük lévő világról, és megkérdőjelezzék saját valóságuk természetét.