Halálának pontos oka ismeretlen, de úgy gondolják, hogy szívroham volt A kemény körülmények miatt tartós volt. Holtan találták a sátra közelében, és testét egy hófutás alá temették el.
Fontos megjegyezni, hogy Wegener kontinentális sodródásának elméletét, amelyet 1912 -ben javasolt, életében nem fogadták el széles körben. Meghalt egy viszonylag ismeretlen tudós, de úttörő elmélete végül helyesnek bizonyult, és most a geológia történetének egyik legfontosabb alakjának tekintik.