Íme, amit tudunk a zenei teljesítményéről:
* Elsősorban egyházzenész volt. Valószínűleg ezért is készült kompozícióinak többsége vallási szolgálatra, mint például kantáták, motetták és orgonaművek.
* Úgy tartják, több kantátát és korált írt. Sajnos ezek közül egyik sem maradt fenn.
* Írott néhány billentyűs darabot is. Ezek közül néhány máig fennmaradt, köztük az "Allein Gott in der Höh sei Ehr" és a "Christ lag in Todesbanden", amelyeket a barokk orgonazene korai példáinak tartanak.
Létfontosságú emlékeznünk arra, hogy Johann Christoph Bach munkásságáról nagyon korlátozottak az ismereteink a fennmaradt kéziratok hiánya miatt. Ezért lehetetlen átfogó listát adni kompozícióiról.
A fennmaradt művek azonban értékes betekintést nyújtanak abba a zenei környezetbe, amelyben Johann Sebastian Bach felnőtt és hatással volt rá.