A Danny Phantom végén Danny legyőzi ősellenségét, Vlad Plasmiust, és megmenti a világot gonosz terveitől. Sikerül is kiszabadítania a szüleit a Szellemzónából, és újra családként egyesülnek. Danny és barátai visszatérhetnek normális életükhöz, de most már tisztában vannak a szellemek világával és az ezzel járó felelősséggel.
A sorozat azzal ér véget, hogy Danny és barátai elrepülnek a naplementébe, és készen állnak arra, hogy szembenézzenek bármilyen kihívással.