1989-ben Christian Brando belépett a Los Angeles-i bíróság elé, hogy szembenézzen gyilkosság vádjával. Dag Drollet agyonveréséért 1990-ben bíróság elé állították, és 10 év börtönbüntetésre ítélték. Drollet Brando féltestvére, Cheyenne barátja volt.
A gyilkossági ítélet után Brando élete tovább ívelt lefelé a kábítószerrel való visszaélés és az önpusztítás felé. 1996-ig raboskodott, amikor 10 éves büntetésének kevesebb mint fele letöltése után idő előtt szabadult.
2005 januárjában Brandót ismét letartóztatták, ezúttal azért, mert állítólag 2 millió dollár értékű ékszert lopott el saját anyjától. Az ellene felhozott vádakat később elutasították.
2006 végén Christian Brando tüdőfertőzés miatt került kórházba. Ezt követően tüdőgyulladást diagnosztizáltak nála, és átszállították a kaliforniai Los Angeles-i UCLA Medical Centerbe.
Christian Brando 2008. január 26-án hunyt el az UCLA Medical Centerben, 49 éves korában. A halál oka tüdőgyulladás és májelégtelenségből eredő szövődmények voltak.
Brando 49 éves korában bekövetkezett halála szomorú és tragikus végét jelentette annak az életnek, amely tele lehetett volna annyi ígérettel és lehetőséggel. Ehelyett egy olyan élet volt, amelyet tragikusan megszakított a függőség és az erőszak.