Clarendon alkotmánya: II. Henrik 1164-ben klarendoni alkotmányként ismert törvénycsomagot adott ki. Ezek a törvények az Egyház hatalmát és kiváltságait próbálták korlátozni Angliában, különös tekintettel a püspökök kinevezésére és a bűnökkel vádolt papok feletti joghatóságra. Becket, mint Canterbury érseke, ellenezte az alkotmányt, mint az egyház autonómiájának megsértését.
Egyházi mentelmi jog: II. Henrik meg akarta erősíteni uralmát a papság felett, és a királyi bíróságok fennhatósága alá akarta vonni őket. Becket ezzel szemben úgy vélekedett, hogy a papságot csak az egyházi bíróságoknak szabad alávetni, és az egyház joga mellett érvelt, hogy saját ügyeit irányítsa.
Püspökök kinevezése: II. Henrik bele akart szólni a püspökök kinevezésébe, biztosítva, hogy a püspökök lojálisak legyenek hozzá, és támogassák politikáját. Becket ragaszkodott ahhoz, hogy a püspökök kiválasztása kizárólag vallási érdemek alapján történjen, királyi beavatkozás nélkül.
Joghatósági konfliktus: A konfliktus kiéleződött, amikor egy Philip de Brois nevű jegyzőt bűncselekménnyel vádolták meg, és mind a királyi, mind az egyházi bíróság követelte. Becket nem volt hajlandó átadni a jegyzőt a királyi bíróságoknak, azzal érvelve, hogy ez sérti az egyház joghatóságát.
A II. Henrik és Becket közötti nézeteltérés a monarchia és az egyház közötti szélesebb körű harcot szimbolizálta az irányítás és a hatalom felett. A konfliktus 1170-ben a canterburyi katedrálisban Thomas Becket meggyilkolásával tetőzött II. Henrikhez hű lovagok által. Becket meggyilkolása jelentős visszhanghoz vezetett, és végül II. Henrik engedményeket eredményezett, és megerősítette az egyház kiváltságait és függetlenségét.