A darab egyik legnyilvánvalóbb jellemzője, amely kérdéseket vet fel a vallási toleranciával kapcsolatban, Shylock, a zsidó pénzkölcsönző ábrázolása. Shylockot kegyetlen és kapzsi emberként ábrázolják, aki a pénz megszállottja, és bosszút áll Antonio ellen, egy keresztény kereskedőn, aki megbántotta őt. Számos negatív sztereotípiát testesít meg, amelyek Shakespeare idejében uralkodtak a zsidókkal kapcsolatban, és karakterét gyakran antiszemitaként értelmezték.
Másrészt vannak olyan pillanatok a darabban, amelyek megkérdőjelezik ezeket a sztereotípiákat, és problematizálják a vallási előítéletek gondolatát. Például Antonio maga is küzd a zsidókkal szembeni előítéleteivel, és Shylock-kal való bánásmódja a megvetés és az együttérzés keverékét mutatja. Portia, a darab hősnője az irgalom és a megbocsátás fontossága mellett érvel, és végül ráveszi Shylockot, hogy könyörüljön Antonio felé. Ezt a jelenetet sok kritikus toleranciára és megértésre való felhívásként olvasta.
A darab vallási toleranciával kapcsolatos álláspontjának másik perspektívája az, hogy egyszerűen Shakespeare korának társadalmi és kulturális valóságát tükrözi. Az antiszemitizmus mélyen beágyazódott Európa keresztény társadalmába, és Shakespeare-nek nehéz lett volna toleránsabb nézetet képviselni anélkül, hogy kockáztatná a cenzúrát vagy elidegenítené hallgatóságát. Így a darab inkább tekinthető korának termékének, semmint Shakespeare saját hitének tükröződésének.
Összességében A velencei kereskedő összetett és árnyalt színdarab, amely többféle perspektívát kínál a vallási toleranciáról és az előítéletekről. Bár tartalmaz néhány antiszemita elemet, az együttérzés és a megértés pillanatait is bemutatja, amelyek megnehezítik a darab üzenetének olvasását. Végső soron a darab arra hívja a közönséget, hogy mérlegelje a vallási különbségek összetettségét, és kritikusan vizsgálja meg saját előítéleteit.