Fontos azonban megérteni, hogy még a legzseniálisabb művészeknek is megvannak a korlátai és kihívásai. Néhány szempont, amely Raphael munkájában „kudarcnak” vagy gyengeségnek tekinthető, bár a művészettörténészek gyakran vitatják őket, a következők:
* Korlátozott összpontosítás az érzelmekre és a realizmusra: Michelangelóhoz képest Raphael figurái gyakran nélkülözik azt az érzelmi mélységet és pszichológiai komplexitást, amely a firenzei mester munkáját jellemzi. Egyes kritikusok szerint Raphael az idealizált szépséget és harmóniát helyezte előtérbe az érzelmi realizmussal szemben.
* Asszisztensekre hagyatkozás: Raphael stúdiója nagyszámú asszisztensi csapatáról volt ismert, és egyes kritikusok azzal érvelnek, hogy ez következetlenségekhez vezetett munkájában, különösen a későbbi években. Bár Raphael felügyelete és útmutatása nyilvánvaló volt, vita tárgyát képezi, hogy az átfogó művészi látásmód mindig az övé volt-e.
* Az „Átváltozás” vita: Raphael utolsó festménye, az "Átváltozás" posztumusz készült el műtermében. Míg a kompozíció és a koncepció Raphael nevéhez fűződik, a kivégzésről úgy tartják, hogy több kéz is érintett. Ez vitához vezetett arról, hogy a végső munka mennyire tükrözi Raphael valódi szándékait.
Fontos megjegyezni, hogy ezek a szempontok nem kudarcok a művészi alkalmatlanság értelmében. Inkább olyan korlátokról vagy területekről van szó, ahol Raphael művészi megközelítése eltért kortársaiétól, vagy ahol korának kihívásai hatással voltak munkásságára.
Gyümölcsözőbb értékelni Raphael győzelmeit, hihetetlen képességét, hogy megragadja munkájában a szépséget, a kecsességet és a harmóniát, valamint a művészettörténetre gyakorolt tartós hatását. Hagyatéka rendkívüli készség, művészi ragyogás és tartós hatás.