Leginkább az általa 1660 és 1669 között vezetett naplójáról ismert, amely ma a 17. századi Anglia társadalomtörténetének egyik legfontosabb elsődleges forrása.
A szerény társadalmi státuszban született, de a cambridge-i Magdalene College klasszikusaiban tanult Pepys élvezte a fontos rokonok pártfogását és saját képességeit, hogy felemelkedjen a közszolgálatban.
A Castle Rising és Tanger parlamenti képviselője, Tanger kincstárnoka, a haditengerészet testületének jegyzője, az Admiralitás titkára, a Royal Society elnöke és a Trinity House mestere lett.
Híres naplója rengeteg információval szolgál kora kultúrájáról és társadalmáról, beleértve a korszak néhány jelentős eseményének szemtanúinak beszámolóit, köztük a londoni nagy tűzvészt.
Pepys karrierje a restaurációs udvarhoz fűződő kapcsolatait és az abban az időszakban lezajlott politikai csatározásokat is tükrözi.
1669 után a látás romlása miatt nem tudta folytatni a napló vezetését.
Nyilvános bírálatokkal is szembesült, és 1679-ben eltávolították hivatalából, azzal a hamis váddal, hogy katolikus szimpatizáns.
Később felmentették, és 1684-től 1689-ig ismét az Admiralitás titkáraként szolgált, segítve Orániai Vilmos haditengerészetének biztosítását a dicsőséges forradalom idején.
Pepys 1703-ban halt meg, könyvtárát és kéziratait a cambridge-i Magdalene College-ban hagyta, ahol ma is maradnak.
Naplóját számos kiadásban átírták, szerkesztették és kiadták, történelmi és irodalmi értékéért továbbra is tanulmányozzák és csodálják.