A Pokémon Crystalban különböző módszerekkel utazhatsz városok között:
* Séta: A leggyakoribb módszer, különösen a játék elején.
* Kerékpározás: Akkor érhető el, ha megszerez egy kerékpárt a Goldenrod City kerékpárútjáról.
* Csónak: Bizonyos városok között utazott, például New Bark Townból Violet Citybe.
* Vonat: Bizonyos városokba utazott, például Goldenrod Cityből Ecruteak Citybe. Vonatjegyet vásárol az utazáshoz, de nincs külön "vasúti bérlet".
A játék nem rendelkezik olyan vasúti belépőrendszerrel, mint néhány későbbi Pokemon-játék, mint például a Pokemon Diamond, a Pearl és a Platinum.