1847-ben Scott pert indított tulajdonosa, John Sandford ellen a szabadságáért. Scott azzal érvelt, hogy szabad emberré vált, amikor Illinois szabad területén élt. Az ügyben végül az Egyesült Államok Legfelsőbb Bíróságához nyújtottak be fellebbezést, amely 1857-ben Scott ellen hozott ítéletet.
A Dred Scott-döntés az egyik legvitatottabb legfelsőbb bírósági döntés volt az amerikai történelemben. Kimondta, hogy az afroamerikaiak nem állampolgárok, és nem perelhetnek a szövetségi bíróság előtt. Azt is mondta, hogy az 1820-as Missouri-kiegyezés, amely megtiltotta a rabszolgaságot a 36°30′ szélességi körtől északra, alkotmányellenes.
A Dred Scott-döntés tovább mélyítette az észak és dél közötti megosztottságot, és elősegítette a polgárháború kirobbanását. Ez nagy győzelmet aratott a rabszolgatartó Dél számára, de sok embert felháborított északon, és segített egyesíteni a rabszolgaság-ellenes erőket. A döntést az Egyesült Államok alkotmányának 1865-ös tizenharmadik kiegészítésének elfogadása döntötte meg, amely eltörölte a rabszolgaságot.
A Dred Scott-ügy jogi és politikai jelentősége mellett magának Dred Scottnak a személyes életére is jelentős hatással volt. Ő és családja a polgárháború után kiszabadultak, de a következő években sok kihívással és nehézséggel kellett szembenézniük. Scott 1858-ban tuberkulózisban halt meg, mindössze néhány hónappal azután, hogy a Legfelsőbb Bíróság döntött az ügyében.
Ma Dred Scottra a faji egyenlőségért folytatott küzdelem szimbólumaként emlékeznek Amerikában. Az ő esete jelentős fordulópont volt a nemzet történelmében, és hozzájárult a rabszolgaság eltörléséhez.