Danforth a kezdetektől részt vett a perekben, és számos vizsgálaton és meghallgatáson jelen volt. Gyakran kihallgatta a vádlottakat, és kényszerítette őket, hogy beismerjék bűnösségüket. A vádlottak ítéletében is szerepet vállalt, számos halálos ítéletet ő írt alá.
Történészek és jogi szakértők széles körben kritizálták Danforthnak a perek során tett lépéseit. Gyakran úgy tekintenek rá, mint a sálemi boszorkányperek túlkapásaira és annak veszélyeire, hogy a hisztéria és az előítéletek felülírják az értelmet és az igazságosságot.