A Nagato Yuki-chan eltűnése egy alternatív valóságban játszódik, ahol Yuki Nagato az egyetlen tagja az SOS Brigádnak. A klub többi tagja, köztük Haruhi Suzumiya, Mikuru Asahina és Itsuki Koizumi, mind eltűntek. Yuki elhatározza, hogy kideríti, mi történt a barátaival, és visszahozza őket.
A sorozat Yuki szemszögéből szól, és feltárja gondolatait és érzéseit, miközben az eltűnések után nyomoz. Kitér az SOS Brigád tagjai közötti kapcsolatokra és arra is, hogyan érintették őket az eltűnések.
Nagato Yuki-chan eltűnését dicsérték karakterfejlődéséért, valamint a barátság és hűség témáinak feltárásáért. A sorozatot gyönyörű illusztrációiért és az eredeti könnyed regények hű feldolgozásáért is dicsérték.
A Nagato Yuki-chan eltűnése kötelező olvasmány a Haruhi Suzumiya melankóliája rajongóinak és mindenkinek, aki szereti a jó rejtélyt.