1. Kormányzati összeesküvés :Bourne eredetileg egy magasan képzett CIA bérgyilkos volt, akit "David Webb" néven ismertek. Miután azonban egy szélhámos műtét rosszul sikerült, amnéziát szenvedett, és civil lett, aki nem emlékezett a múltjára. A CIA és más kormányzati szervek megpróbálják eltüntetni, hogy elfedjék a Treadstone-program titkait, egy titkos feketemunka-projektet, amely Bourne-t és más hozzá hasonló bérgyilkosokat hozta létre.
2. Blackbriar :A Blackbriar a Treadstone utódszervezete, amelyet egykori CIA-tisztviselők hoztak létre. Irányítani akarják Bourne-t, és a képességeit saját titkos műveleteikhez akarják használni. Bourne azonban veszélyt jelent a terveikre, mert független természete, és fennáll annak a veszélye, hogy leleplezi tevékenységeiket.
3. Kirill és az orosz kormány :Bizonyos esetekben Bourne tettei ütköznek az orosz kormány érdekeivel, különösen Kirill karakterével. Kirill egy magas rangú orosz hírszerző tiszt, aki bosszút akar állni Bourne ellen a szerettei halálát okozó múltbeli tetteiért. Személyes ellenségnek tartja Bourne-t, és igyekszik megsemmisíteni.
4. Személyes ellenségeskedés :Miközben Bourne feltárja az igazságot múltjáról és az őt körülvevő összeesküvésekről, olyan személyekkel találkozik, akik személyes bosszúhadjáratot indítanak ellene. Ezek az egyének lehetnek korábbi kollégák vagy ellenségek, akik úgy érzik, hogy Bourne tettei elárulták vagy megsértették őket, és bosszúra motiválják őket.
Fontos megjegyezni, hogy az okok, amelyek miatt meg akarják ölni Bourne-t, a Bourne-sorozat könyveinek vagy filmeinek konkrét cselekményvonalától függően változnak, és ezek az okok nem mindegyike található meg minden történetben.