1. Super Junior-K.R.Y.:Ez az alegység három tagból áll - Kyuhyun, Ryeowook és Yesung. Lelkes balladáikról és erőteljes énekeikről ismertek.
2. Super Junior-T:Ez az alcsoport Thaiföldön lép fel, és Leeteuk, Heechul, Shindong, Sungmin és Eunhyuk tagokból áll. Thai és koreai nyelven is előadnak dalokat.
3. Super Junior-M:Ez az alegység elsősorban Kínában aktív, és Hangeng (korábbi tag), Siwon, Donghae, Ryeowook, Kyuhyun és Zhou Mi tagokból áll. Mandarin kínai nyelven adnak elő dalokat.
4. Super Junior-H:Ez az alegység az ügetés zenéjéről ismert. Leeteuk, Yesung, Kangin, Shindong, Sungmin és Eunhyuk tagokból áll. A Trot egy hagyományos koreai zenei műfaj, amelyet gyors tempója és lendületes ritmusai jellemeznek.
5. Super Junior-D&E:Ez a duó Donghae és Eunhyuk tagokból áll. Fülbemászó elektronikus tánczenéjükről és energikus előadásaikról ismertek.
6. Super Junior-Happy:Ezt az alegységet élénk és vidám zenéje jellemzi. Yesung, Shindong, Sungmin és Leeteuk tagokból áll.
Ezek az alcsoportok lehetővé teszik a Super Junior számára, hogy különféle zenei stílusokat és koncepciókat fedezzen fel, miközben bemutatja a különböző tagok tehetségét és erősségeit.