Főbb antagonisták:
* Magneto: Az X-Men legikonikusabb gonosztevője, Magneto egy erős mutáns, aki képes manipulálni a mágnesességet. Úgy véli, hogy a mutánsok felsőbbrendűek az embereknél, és uralniuk kell a világot, gyakran ütközve X professzor békés együttélésről szóló álmával.
* Apokalipszis: Erőteljes, ősi mutáns, aki képes magába szívni mások erejét, az Apokalipszis arra törekszik, hogy megtisztítsa a világot, és új rendet teremtsen saját uralkodójával.
* Sabertooth: A vad és brutális mutáns fejlett érzékszervekkel, emberfeletti erővel és regeneráló képességekkel rendelkezik, Sabertooth könyörtelen ragadozó és Wolverine esküdt ellensége.
* Rejtély: Az alakváltás és a megtévesztés mestere, Mystique képzett kém és bérgyilkos, aki gyakran az árnyékban tevékenykedik. Bonyolult kapcsolata van az X-Menekkel, néha szövetségesként, máskor könyörtelen ellenségként viselkedik.
* A Mutánsok Testvérisége: Magneto vezette mutánsok csoportja, akik úgy gondolják, hogy az emberek az ellenségek, és a mutánsoknak kell uralkodniuk. Ennek a csoportnak számos tagja volt az évek során, köztük Toad, Pyro és Blob.
Egyéb figyelemre méltó ellenfelek:
* Mr. Baljós: Egy zseniális, de könyörtelen genetikus, aki megszállottan manipulálja a mutáns evolúciót.
* A juggernaut: A természet megállíthatatlan ereje hatalmas erővel és sebezhetetlenséggel.
* Az őrszemek: Erőteljes robotok, amelyeket mutánsok vadászására és elpusztítására terveztek.
* A Hellfire Club: Exkluzív és erőteljes szervezet, amely saját céljai érdekében igyekszik irányítani a mutáns hatalmakat.
* William Stryker: Egy katonai vezető, aki úgy gondolja, hogy a mutánsok veszélyt jelentenek az emberiségre, és igyekszik megszüntetni őket.
Szervezetek:
* AIM (Advanced Idea Mechanics): Tudományos szervezet, amely gyakran belenyúl a veszélyes technológiába, és több alkalommal is összetűzésbe került az X-Menekkel.
* Hidra: Globális terrorszervezet, amelynek története a mutáns hatalmak ellenőrzésére törekszik.
* A tisztítók: Egy fanatikus embercsoport, akik azt hiszik, hogy a mutánsok csapást jelentenek a világban.
Fontos megjegyezni, hogy az X-Men sok más ellenféllel is szembekerült hosszú történelmük során, de ezek a legfigyelemreméltóbb és legvisszatérőbb ellenségek. Az X-Men ellenségei az előítéletek, a félelem és az egyenlőségért folytatott küzdelem összetett témáit tükrözik, amelyek a franchise-ban végigszőttek.