A regényben a Fantom egy torz ember, aki maszkot visel, hogy elrejtse az arcát. Az operaház alatti katakombákban él, és zenei zsenialitása segítségével irányítja az operaénekeseket és a színpadi dolgozókat. A Fantom beleszeret egy fiatal szopránba, Christine Daaé-be, és megszállottjává válik. Elrabolja, és a katakombákban lévő odújába viszi. Christine végül megszökik a Fantom elől, aki eltűnik az éjszakában.
A Fantom sorsa nem egyértelmű a regényben. A regény eredeti francia változatában a Fantom állítólag felakasztotta magát a katakombákban. Az angol fordításban azonban állítólag a Fantom eltűnt Párizs csatornájában.