A történet konfliktusa inkább az érzelmeket, a bosszút, valamint a társadalmi előítéletek és a belső küzdelem közötti kölcsönhatást hangsúlyozza, mintsem az emberiség és a természet közötti kölcsönhatást. Ezen túlmenően, mivel a legtöbb esemény a Palais Garnier keretein belül történik, a természeti elemek nem kapnak különösebb hangsúlyt ebben a történetben. Ezért nincs olyan konfliktus az emberiség és a természet között, amely az „Opera fantomja” narratíváját mozgatja.