* Átatlanság és tudatlanság: Bruno naivitása központi szerepet játszik a regényben. Nem érti a koncentrációs tábor valódi természetét vagy a veszélyt, amit jelent. Ez az ártatlanság rávilágít Bruno világa és a holokauszt valósága közötti éles ellentétre.
* Barátság és kapcsolat: Bruno barátsága Shmuellel, egy fiúval a kerítés túloldalán túllép az előítéletek és a félelem korlátain. Kapcsolatuk megmutatja az emberi kapcsolat erejét a viszontagságokkal szemben.
* A vak engedelmesség veszélyei: Bruno apja, egy magas rangú náci tiszt, a tekintélynek való megkérdőjelezhetetlen engedelmesség veszélyeit képviseli. Bűnrészes a holokauszt borzalmaiban, még ha nem is fogja fel teljesen azok nagyságát.
* Az előítéletek és a diszkrimináció természete: A regény feltárja az előítéletek és a diszkrimináció pusztító következményeit. Bruno kezdeti félelme a „csíkos pizsamában viselő emberektől” abból a propagandából és félretájékoztatásból fakad, amelyeknek ki volt téve.
* Az empátia és az együttérzés ereje: Kezdeti félelme és tudatlansága ellenére Bruno empátiát fejleszt Shmuel és a többi fogoly iránt. Ez az empátia kihívást jelent a náci rezsim dehumanizáló ideológiáival szemben.
* Gyermekkor elvesztése: Bruno ártatlanságának elvesztése és az általa átélt trauma a gyermekkor elvesztését jelenti, amelyet számtalan gyermek szenvedett el a holokauszt során.
* A holokauszt hatása a családokra: A regény rávilágít a holokauszt pusztító hatására a családokra, mind a zsidókra, mind a nem zsidókra. Bruno családját szétszakítja a háború, Shmuel családját pedig elpusztítja a náci rezsim.
A "Csíkos pizsamás fiú" Bruno ártatlan perspektíváját használja fel a holokauszt sötét valóságának feltárására, és fontos kérdéseket vet fel az emberi természetről, az előítéletekről, valamint az empátia és együttérzés erejéről.