Az eltűnést egy titokzatos, „Darkrai” néven ismert árnyékfigura megjelenésének tulajdonítják, akiről úgy tartják, hogy felelős az eltűnt Pokémonokért. Az eltűnés valódi oka azonban továbbra is rejtély marad, és a Pokémon Rangerek feladata kivizsgálni és feltárni az igazságot e rendkívüli esemény mögött.