A játékban 25 különböző természet található, mindegyiknek megvan a maga pozitív és negatív hatása az adott statisztikákra. Például egy Hardy Nature-vel rendelkező Pokémonnak nincs statikus beállítása, míg a Jolly Nature-vel rendelkező Pokémon sebessége fokozódik, és speciális támadása csökken.
A természet megértése és kezelése döntő fontosságú egy hatékony Pokémon csapat felépítésében, mivel ezek hatással lehetnek a Pokémon általános erősségeire és gyengeségeire. A játékosok találkozhatnak és toborozhatnak Pokémonokat meghatározott természetekkel, miközben kazamatákot fedeznek fel, vagy a Wonder Mail funkció használatával kapcsolatba léphetnek más játékosokkal.