Az Arsenal Gear egy hatalmas, nukleáris fegyverekkel felvértezett tengeralattjáró. Solidus Snake, a Sons of Liberty nevű terrorszervezet vezetője irányítja. Raidennek, a játékos karakternek be kell szivárognia az Arsenal Gearbe, és meg kell akadályoznia Solidust az atomfegyverek használatában.
A Solidus elleni csata izgalmas és kihívásokkal teli küzdelem. Solidus erős ellenfél, és sokféle fegyvert és technikát használ Raiden legyőzésére. Raidennek minden készségét és képességét be kell használnia, hogy legyőzze Solidust és megmentse a világot.
Az Arsenal Gear megsemmisítése és a Solidus Snake elleni utolsó csata emlékezetes pillanat, mert fordulópontot jelent a játékban. Ez az a pont, ahol Raiden végül legyőzi ellenségeit, és megmenti a világot. Ez egyben egy nagy katarzis pillanata is, hiszen Raiden végre bosszút áll szülei haláláért.