Egyes Pokémonokat azonban nehezebb megtalálni, vagy bizonyos feltételekkel kell szembenézni, így nehezebb megszerezni őket. Íme néhány példa:
* Legendás Pokémon: A Rayquaza áll a történet középpontjában, és ez az egyetlen legendás Pokémon, amely elérhető a játékban. Bár technikailag nem „ritka” a beszerezhetőség szempontjából, minden bizonnyal kihívást jelent elkapni.
* Shadow Pokémon: Ezek a meglévő Pokémonok különleges változatai egyedi képességekkel és megjelenésekkel. Néhány árnyék-Pokémon, mint például a Shadow Lugia vagy a Shadow Mewtwo, csak meghatározott eseményeken vagy kereskedésen keresztül érhető el.
* Speciális feltételeket igénylő Pokémonok: Bizonyos Pokémonok, például az Eeveelutions csak bizonyos körülmények között jelenhetnek meg, például bizonyos napszakokban vagy meghatározott helyeken.
Végső soron a Pokémonok „ritkasága” az XD:Gale of Darkness-ben a meghatározásodtól és attól függ, hogy mit tartasz kihívásnak megszerezni.