A film történetének középpontjában a bárka, egy hatalmas fegyvert tartalmazó rejtett űrhajó, valamint az azt követő, a Decepticons elleni harc áll. Az emberi karakterek főként Sam Witwickyre (Shia LaBeouf) és új barátnőjére, Carly Spencerre (Rosie Huntington-Whiteley) állnak.
Bár Megan Fox távollétének hivatalos okát nem hozták nyilvánosságra, széles körben úgy vélik, hogy távozását Michael Bay rendezővel fennálló kreatív nézeteltérések okozták. Állítólag feszültségek voltak Fox és Bay között a Transformers:Revenge of the Fallen (2009) gyártása során.
Hiánya ellenére Mikaela sorsával nem foglalkozik kifejezetten a film. Arra utal, hogy ő és Sam útjai elváltak.