Így működik:
1. A kezdet: A játékot a személyiségedre vonatkozó kérdések megválaszolásával kezded. Ez segít a játéknak eldönteni, hogy melyik Pokémon illik hozzád a legjobban.
2. Partner Pokémon: A válaszaid alapján a játék kiválaszt egy partner Pokémont neked.
3. Kezdő Pokémon: Ezután három lehetőség közül választhat saját kezdő Pokémonot:Charmander, Squirtle vagy Bulbasaur.
Tehát ahhoz, hogy Charmander legyél a Pokémon Mystery Dungeonban, nem kell konkrét kérdésre válaszolnod. Csak a Charmandert kell választania, ha lehetőséget kap.