A játék története az "Eggman Empire" körül forog Dr. Eggman által irányított robotok és szörnyek csoportja. Ez a birodalom különféle „Eggman csatlósokból” áll, amelyek mindegyike egyedi képességekkel és megjelenéssel rendelkezik.
Míg néhány ilyen csatlós, például a "Egg Pawn" és "Egg Hornet" ismerősek, mások titokzatosabbak. A leggyakrabban "rejtélyes szörnyeknek" nevezettek a következők:
* "Egg Cerberus": Háromfejű, kutyaszerű robot, erős fúróval.
* "Egg Golem": Masszív, lassan mozgó robot nagy kalapáccsal.
* "Egg King": Óriási, trónszerű robot erős lézerekkel.
Ez csak néhány példa, és sok más egyedi és névtelen robot és szörny jelenik meg a játék során, tovább fokozva a rejtélyt és az intrikát.
Tehát, bár nincs egyetlen "rejtélyes szörnyeteg", ezeknek az egyedi és érdekes karaktereknek a kollektív jelenléte hozzájárul a Sonic Heroes magával ragadó és titokzatos atmoszférájához.