Csak a 16 bites Sonic &Knuckles játékban játszható , amely külön patronként került kiadásra. Ezután a Sonic &Knuckles patront a Sonic the Hedgehog 3 kazetta tetejére helyezheti a „Lock-on” funkció feloldásához. , amely lehetővé teszi, hogy Knucklesként játsszon a játék új verziójában.
Noha Knuckles közvetlenül nem játszható a Sonic 3-ban, főnök karakterként jelenik meg a játékban.