A pakliban lévő bizonyos kártyák száma is korlátozott:
* Főfedélzet: Egy adott kártyáról csak 3 másolata lehet a fő paklidban, kivéve az alapvető szörnyeket, amelyeknek nincs határa (mint például az "Elemental HERO Shadow Mist").
* Extra pakli: A birtokolható Extra Deck kártyák száma a formátumtól függően változik. Például a „Master Duel” formátumban 15 kártya lehet az Extra Pakliban, míg a "TCG" formátum 15 kártyát tesz lehetővé az Extra Deckben.
Ne feledje, hogy egy kártyából nem lehet több példánya az extra pakliban.