1. Dialga elengedi az általa felszívott Time Gears-t, ezzel visszaállítja az idő áramlását a normális kerékvágásba.
2. A játékos és társa visszatér a Kincses városba.
3. Dialga megjelenik, és elmagyarázza a játékosnak és partnerének, hogy tettei szükségesek egy nagyobb katasztrófa megelőzése érdekében. Felfedi, hogy a "Sötét Anyag" néven ismert erő manipulálja az időt, és különféle torzulásokat és hibákat okoz a világban.
4. Dialga megbízza a játékost és partnerüket a sötét anyag megállításával.
5. A beszélgetés után a történet úgy folytatódik, hogy a játékos és partnerük kazamatákat kutatnak, harcolnak a Pokemonokkal, és új csapattagokat toboroznak, miközben azon dolgoznak, hogy feltárják a Sötét Anyag mögötti igazságot, és véget vetjenek aljas terveinek.