* Elveszít egy garantált fogást. A Master Ball az egyetlen Poké Ball a játékban, amely 100%-os fogási arányt mutat, vagyis garantáltan elkapsz minden Pokémont, függetlenül attól, hogy milyen ritka vagy erős. Ez különösen frusztráló lehet, ha elszalaszt egy lehetőséget, hogy elkapjon egy legendás Pokémont vagy egy ritka Shinyt.
* Nem kaphatsz újabb mesterlabdát. Csak egy mesterlabdát kapsz a játékban, így ha egyszer felhasználod, ennyi.
* Valószínűleg más fogási módszerekre kell támaszkodnia. Más Poké-labdákat kell használnod, valamint olyan stratégiákat, mint a Pokémon gyengítése vagy állapoteffektusok, például az alvás vagy a bénulás, hogy növeld az esélyed, hogy elkapd. Ez nagyobb kihívást és időigényes lehet.
Fontos azonban megjegyezni, hogy:
* Továbbra is befejezheti a játékot. Nincs szükséged a Mesterlabdára, hogy legyőzd a játékot, vagy elkapd az összes Pokémont. Kellő türelemmel és stratégiával továbbra is bármelyik Pokémont elkaphatod.
* Bármikor újra próbálkozhat. Ha új játékkal játszik, dönthet úgy, hogy elmenti a Mesterlabdát egy későbbi, stratégiaibb pillanatra.
Végső soron az, hogy nagy dolog-e elpazarolni egy Mesterlabdát, a személyes játékstílusodtól függ, és attól, hogy mennyire értékeled az adott Pokémon elkapását. Bár minden bizonnyal értékes erőforrás, nem elengedhetetlen a játék élvezetéhez.