Így működik a Shadow Pokémon rendszer a Xenogearsben:
1. A Shadow Pokémon ájulása: A csatákban elájulhat Shadow Pokémon, akárcsak bármely más ellenség. Ez valójában nem „fogja el” őket.
2. A „Rögzítés” valódi jelentése: Az árnyék-pokémonok Xenogearsben való „elfogása” azt jelenti, hogy le kell győzni őket a csatában majd felszívja energiájukat és emlékeiket a saját karaktereidbe . Ez a „Rögzítés” képesség használatával történik , amely bizonyos karakterek számára elérhető.
3. A „Rögzítés” képesség: A „Capture” képességet nem tanulod meg vagy vásárolod meg; ez a karakter veleszületett képességeinek része. Ha egy karakter használhatja a „Rögzítés” képességet, akkor láthat egy speciális parancsot csata közben, miután legyőzött egy árnyék-pokémont. A parancs használatával felszívhatja energiájukat és emlékeiket.
Ezért nem lehet újra „elkapni” egy ájult Árny-Pokémont. Ha egyszer legyőztél egy árnyék-pokémont, vagy felszívod őket (a Capture segítségével), vagy örökre eltűnnek.
A játéktervezők valószínűleg azért választották ezt a rendszert, hogy hangsúlyozzák a veszteség, az áldozatvállalás és a sötétség elleni küzdelem témáit, amelyek központi szerepet játszanak Xenogears narratívájában.