A dalszöveg egy forgószél-románcot ír le, amely eleinte tökéletesnek tűnt, de hamarosan felfedte a sötét oldalát. A narrátor arról énekel, hogy kezdettől fogva tudta, hogy vannak vörös zászlók, de figyelmen kívül hagyta őket, mert heves érzelmei voltak e személy iránt.
A dal során Swift metaforikus nyelvezetet és képzeteket használ a kapcsolat érzelmi zűrzavarának közvetítésére. Szerelmét egy "bíbor átokhoz" és egy "kábítószerhez" hasonlítja, amitől rabja volt, annak ellenére, hogy tudta, hogy káros.
A kórus hangsúlyozza a narrátor felismerését, hogy a feje fölött járt, és látnia kellett volna a baj közeledtét:"Tudtam, hogy baj van, amikor beléptél, szóval szégyelld magad."
A dal hídja a csúcspontig emelkedik, miközben a narrátor frusztrációját és haragját fejezi ki, és azt kívánja, bárcsak visszamehetne, és visszavonhatná azt a döntését, hogy kapcsolatba kerüljön ezzel a személlyel. Rájön, hogy hagyta magát elvakítani az érzéseitől, és megfizette az árát.
Az utolsó refrén megismétli a dal fő üzenetét, megerősítve azt az elképzelést, hogy a narrátor tudta, hogy szerelme zaklatott, de mégis engedte magát, hogy beleragadjon.
Összességében az "I Knew You Were Trouble" figyelmeztető meseként szolgál a vörös zászlók figyelmen kívül hagyásának és a heves érzelmek átadásának veszélyeiről egy kapcsolatban, ami végül szívfájdalomhoz és megbánáshoz vezet.