A Slayer néhány, a kereszténységgel szemben kritikus dalai közé tartozik az "Angel of Death", a "South of Heaven" és a "Raining Blood". Ezek a dalok olyan szövegeket tartalmaznak, amelyek kritikusak a katolikus egyházzal, a Bibliával és Isten fogalmával szemben. Fontos azonban megjegyezni, hogy ezeket a dalokat nem szó szerint kell érteni, és egyszerűen a művészi kifejezés egy formája.
A Slayer zenéjét bírálták néhány vallási csoport, akik úgy vélik, hogy erőszakot és gyűlöletbeszédet hirdet. A zenekar azonban megvédte a zenéjét, mondván, hogy azt az Egyesült Államok alkotmányának első kiegészítése védi.
Összességében a Slayer egy ellentmondásos zenekar, amelyet kritizáltak keresztényellenes témái miatt. Maguk a bandatagok azonban kijelentették, hogy nem keresztényellenesek, és zenéjüket nem akarják komolyan venni.