Petrucci az 1990-es évek eleje óta használja Ernie Ball Music Man gitárjait, és jellegzetes modelljei a világ legnépszerűbb gitárjai közé tartoznak. Jellegzetes modelljei közé tartozik a John Petrucci Majesty, a John Petrucci BFR és a John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci is használt Ibanez gitárokat az 1980-as években és az 1990-es évek elején. Leghíresebb Ibanez gitárja az Ibanez RG550, amelyet a Dream Theater első két albumán használt.
Fender Stratocaster
Petrucci alkalmanként Fender Stratocaster gitárokat is használt, különösen tiszta és bluesos hangokhoz.