Gottschalk zenéjét gyakran „nacionalista”-ként írják le, mert az amerikai népzene és a populáris zene elemeit is tartalmazza. Afro-amerikai spirituáléit és az afroamerikai zene egyéb elemeit is felhasználta kompozícióiban. Gottschalk zenéjét gyakran a szinkron, az improvizáció és a virtuóz zongoratechnika alkalmazása jellemzi.
Gottschalk leghíresebb szerzeményei közé tartozik a "Bamboula", "The Banjo", "The Union" és "The Last Hope". Ezek a zeneművek mind Gottschalk egyedi stílusát és egy kifejezetten amerikai zene létrehozása iránti elkötelezettségét képviselik.