Az iTunesba importált zene:
> - Ha zenei fájlokat ad hozzá az iTunes könyvtárhoz, és a számítógépén lévő mappákba rendezi őket (felügyelt iTunes könyvtár), a fájlok közvetlen törlése a mappából az iTunesból is eltávolíthatja őket. Amikor az iTunes szinkronizálva van az iPhone-jával, ezek a törölt fájlok többé nem lesznek jelen az eszközön.
Manuálisan hozzáadott zene:
> - Ha manuálisan másolja a zenefájlokat az iTuneson kívüli mappába (nem felügyelt iTunes-könyvtár), akkor előfordulhat, hogy a mappában végrehajtott módosítások nem érintik az iTunes-hoz már hozzáadott elemeket, hacsak nem hajt végre bizonyos műveleteket magában az iTunesban. Azonban minden zene, amelyet eltávolít az iTunes alkalmazásból, miközben szinkronizálja iPhone készülékét, a következő szinkronizálás során törlődik az eszközről.
Tehát, ha véglegesen el szeretné távolítani a zenét mind az iTunes-ból, mind az iPhone-járól, és elkerülni a duplikációt, általában jobb, ha közvetlenül az iTunes könyvtárból törli a fájlokat. Ezt úgy teheti meg, hogy kiválasztja a dalokat, és kiválasztja a "Törlés" opciót a fájl menüből.