Az egyik legnépszerűbb elmélet az, hogy a Beatles backmasking-et használt, egy olyan technikát, amely során az üzenetet visszafelé rögzítik, hogy az visszafelé lejátszáskor hallható legyen. A rajongók azt állították, hogy különféle rejtett üzeneteket hallottak a Beatles-dalok visszafelé lejátszásakor, köztük olyan kifejezéseket, mint a "Turn me on, dead man" a "Revolution 9"-ben és az "I buried Paul" a "Strawberry Fields Forever"-ben. Ezeket az állításokat széles körben vitatták, és néhányan elvetették pareidoliaként, vagyis a véletlenszerű vagy nem kapcsolódó információk értelmes mintázatainak észlelésére való hajlamként.
Egy másik elmélet azt sugallja, hogy a Beatles vizuális nyomokat és szimbolikát hagyott az albumborítóiban és a promóciós anyagaiban. Egyes rajongók úgy vélik, hogy a "Sergeant Pepper's Lonely Hearts Club Band" borítóján egy férfi rejtett képe látható, aki háttal a nézőnek áll a tömegben, és egyesek szerint Paul McCartney-t képviseli. Mások az „Abbey Road” és a „Revolver” albumok borítóján szereplő szimbólumokat vagy tárgyakat rejtélyes üzenetekként értelmezték.
Ezenkívül néhány rajongó elemezte a Beatles-dalok szövegét, ami azt sugallja, hogy azok rejtett utalásokat tartalmaznak személyes élményekre, társadalmi kommentárokra vagy rejtett jelentésekre. A dalszövegek értelmezése erősen szubjektív lehet, és bár bizonyos dalok különböző módon rezonálhatnak az egyénekre, gyakran nehéz meghatározni, hogy ezeket az értelmezéseket a banda szándékozta-e.
Érdemes megjegyezni, hogy sok ilyen rejtett üzenetet és elméletet széles körben vitattak, elemeztek és elvetettek szakértők és kritikusok. Maguk a Beatles hivatalosan soha nem erősítették meg vagy cáfolták ezeket a feltételezéseket, valódi természetüket értelmezésre nyitva hagyva. Végső soron az, hogy valaki hisz-e a rejtett üzenetek jelenlétében a Beatles albumokon, személyes nézőpont és egyéni felfogás kérdése.