- Zenekari zene:
- Brandenburgi koncertek (1721)
- Zenekari szvit (1720-1723)
- Hegedűversenyek (1717-1723)
- Billentyűzet zene:
- A jó temperált clavier (1722, 1744)
- Goldberg-variációk (1741)
- francia lakosztályok (1722-1725)
- Találmányok és Sinfoniák (1723)
- Orgonazene:
- D-moll toccata és fúga (1703-1707 körül)
- Passacaglia és c-moll fúga (1708 körül)
- G-dúr prelúdium és fúga (1730-1735 körül)
- Ének:
- Szent Máté-passió (1727)
- Szent János-passió (1724)
- Magnificat (1723)
- Karácsonyi oratórium (1734-1735)
- Egyéb művek:
- Das Musikalische Opfer (A zenei ajánlat) (1747)
- A fúga művészete (kb. 1749-1750)
- Kantáták (több mint 200)
- Misék (6)