Mozart és Schikaneder szorosan együttműködött az opera megalkotásában. Kezdetben meseoperának képzelték el a művet, de idővel komolyabb és összetettebb művé fejlődött, amely a szerelem, a barátság, valamint a bölcsesség és a megvilágosodás keresésének témáit dolgozta fel.
Mozart Varázsfuvolához készült zenéjét szépsége, változatossága és érzelmi mélysége jellemzi. Az opera zenei számok széles skáláját tartalmazza, köztük áriákat, duetteket, együtteseket és kórusokat, valamint hangszeres részeket, amelyek fokozzák a történet drámaiságát.
A Varázsfuvola sikere biztosította Mozart hírnevét az egyik legnagyobb operaszerzőként. Továbbra is rendszeresen adják szerte a világon, és az operairodalom egyik remekműveként tartják számon.