* Zongora: Interjúkban említette a zongorázást, sőt néhány szerepében fel is lépett rajta.
* Gitár: Látták már gitározni néhány televíziós fellépésén, sőt egy zenekarral is fellépett.
* Dobok: Dobtudását néhány fellépésen is megmutatta.
* Ukulele: Otthonában van egy ukulele, és érdeklődést mutatott a tanulás iránt.
Bár Neil Patrick Harris nem hivatásos zenész, úgy tűnik, szívesen játszik különféle hangszereken szórakozásból, és még a munkájába is beépítette azokat.