Szerves anyagok lebomlása: A hangszerek és a zenéhez kapcsolódó egyéb tárgyak, például dobok, fuvolák és csörgők gyakran szerves anyagokból készülnek, amelyek idővel lebomlanak. Ez megnehezíti ezeknek a tárgyaknak a megtalálását és tanulmányozását.
Kulturális változások és migráció: Ahogy a kultúrák fejlődnek és vándorolnak, a zenei hagyományaik is változnak. Ez megnehezíti a zene időbeli fejlődésének nyomon követését, különösen akkor, ha hiányoznak az írásos feljegyzések.
A régészeti bizonyítékok korlátai: A régészeti feltárások némi betekintést nyújthatnak a korai kultúrák zenei gyakorlataiba, például a hangszerek felfedezésébe vagy a zenészek művészeti ábrázolásába. Ezek a megállapítások azonban töredékesek lehetnek, és nem adnak teljes képet zenei hagyományaikról.
Szubjektív értelmezések: A régészeti bizonyítékok vagy történelmi beszámolók értelmezésekor a kutatók szubjektív ítéleteket hozhatnak e leletek jelentéséről és jelentőségéről. Ez eltérő értelmezésekhez és nézeteltérésekhez vezethet a tudósok között.
Titok és kizárólagosság: Előfordulhat, hogy egyes zenei gyakorlatokat titokban tartottak, vagy a társadalom bizonyos csoportjaira korlátozódtak, ami megnehezíti a kívülállók számára, hogy megismerjék őket.