Míg a Flyleaf egyes számai úgy tűnhetnek, mintha a barátokról szólnának, a banda szövegei gyakran értelmezésre várnak. Például az „I'm So Sick” című dalt úgy is értelmezhetjük, hogy egy romantikus kapcsolatról szól, de úgy is, hogy egy személy bűnnel vagy függőségével való küzdelméről szól. Hasonlóképpen az „All Around Me” című dalt úgy is értelmezhetjük, hogy az egy személy partnere iránti szeretetéről szól, de úgy is értelmezhető, hogy egy személy Isten iránti szeretetéről szól.
Végső soron a Flyleaf dalainak jelentését az egyéni hallgatónak kell értelmeznie. Kétségtelen azonban, hogy a zenekar zenéjét gyakran keresztény hitük ihlette.