A spanyol Armada egy hatalmas hajóflotta volt, amelyet II. Fülöp spanyol király küldött Anglia megszállására 1588-ban. Drake volt az Armadát legyőző angol flotta egyik parancsnoka.
2. A portugál haditengerészetet
A portugál haditengerészet másik nagy veszélyt jelentett Drake expedícióira. Portugália akkoriban hatalmas tengeri hatalom volt, haditengerészete jól felszerelt és jól képzett volt. Drake többször találkozott a portugál haditengerészettel, és gyakran túlerőben volt, és felülmúlta.
3. Az indiánokt
Drake-nek meg kellett küzdenie az őslakos amerikaiakkal is, akik az általa feltárt területeken éltek. Az amerikai őslakosok gyakran ellenségesek voltak az angolokkal szemben, és néha megtámadták Drake hajóit.
4. Az időjárást
Drake-nek az időjárással is meg kellett küzdenie. A Dél-Amerika körüli tengerek nagyon viharosak lehetnek, és Drake hajóit gyakran elkapták a viharok.
5. Betegséget
A betegség állandó fenyegetést jelentett Drake-re és legénységére. A trópusokon gyakori betegségek közül sok végzetes volt, és Drake sok embert elveszített a betegségek miatt.
6. A lázadást
1578-ban Drake legénysége fellázadt ellene. A lázadást Thomas Doughty vezette, aki Drake második parancsnoka volt. Doughtyt végül kivégezték, és a lázadást leverték.
Mindezen akadályok ellenére Drake képes volt befejezni a világ körüli utazását. Ügyes navigátor és merész felfedező volt, és a történelem egyik legnagyobb tengerészeként tartják számon.