Bruno apját Auschwitz parancsnokává léptetik elő, a család pedig koncentrációs táborba költözik. Brunót összezavarják és felzaklatják az életében bekövetkezett változások. Nem érti, miért kell hátrahagynia barátait és otthonát, és nem érti, mi történik a koncentrációs táborban élőkkel.
Bruno találkozik Shmuellel.
Egy nap Bruno a koncentrációs tábor területét kutatja, amikor meglát egy fiatal fiút a kerítés túloldalán. A fiú csíkos pizsamát visel, és nagyon szomorúnak tűnik. Bruno beszélgetni kezd a fiúval, és összebarátkoznak. Shmuel elmeséli Brunónak a koncentrációs táborban töltött életét, és Bruno kezdi megérteni a történések borzalmait.
Bruno besurran a koncentrációs táborba.
Egy nap Bruno úgy dönt, hogy besurran a koncentrációs táborba, hogy meglátogassa Shmuelt. Felvesz egy csíkos pizsamát, és átbújik a kerítésen. Bruno megtalálja Shmuelt, és együtt töltik a napot. Játszanak, beszélgetnek és nevetnek. Bruno rájön, hogy még a legsötétebb időkben is van remény.
Brunót és Shmuelt megölik.
Másnap Brunót és Shmuelt elkapják a nácik. Egy szobába viszik őket, és halálos injekciót kapnak. Bruno és Shmuel együtt halnak meg, holttestüket pedig elégetik a krematóriumban.
A csíkos pizsamás fiú erőteljes és megindító történet a holokausztról. Ez egy történet a barátságról, az ártatlanságról és a remény erejéről.